El tema del cuidado pastoral dentro de los seminarios teológicos ha ocupado a diferentes entidades directivas de instituciones e iglesias, que se esfuerzan en ofrecer una formación integral a los estudiantes. No sólo en las áreas del saber y del hacer, sino del ser. Comprendiendo que la formación del carácter es un énfasis esencial del CEMTA en su visión de formar siervos de Cristo, líderes en iglesias y otros ministerios.
En el CEMTA contamos con un capellán y una capellana. El término capellán o capellana se refiere a hombres y mujeres que aceptan el compromiso de ser instrumentos de Dios en el proceso de restaurar la salud mental, física, social y espiritual de las personas, especialmente de las más necesitadas. El capellán es el ministro que no espera que la gente le venga a la iglesia con sus necesidades, sino sale a buscar a los necesitados en donde estén.
El departamento del cuidado pastoral hacia los estudiantes en el CEMTA fue instalado oficialmente en el año 2007. Su función es complementar la formación integral de los estudiantes en guiar el proceso de sanidad de aquellas cuestiones no resueltas del pasado o del presente. Creando y asegurando así el espacio para un desarrollo sano, normal y equilibrado en su proceso de formación teológica y de carácter, como también en su preparación para el ministerio en la iglesia o en la sociedad.
Así, la capellanía del CEMTA cuenta con la misión de proveer el apoyo espiritual y psico-emocional a los estudiantes, en primer lugar, como también a los colaboradores, atendiendo los casos de consejería y fomentando su desarrollo espiritual, por medio de actividades que responden a tal necesidad. Entre las cuales se destacan, los cultos y las reuniones hogareñas.